Richesses d'un passé mouvementé

On ignore la date exacte de la fondation de Pontarlier, même si ses origines lointaines sont connues. En effet, des vestiges archéologiques ont permis d'apprendre que la plaine aux portes de la ville, la Chaux d'Arlier, était occupée dès 5 000 av. J.-C. et qu'à l'emplacement géographique de Pontarlier, il y avait une occupation gallo-romaine.

Le développement du commerce a joué un rôle majeur dans l'histoire de la ville. Située au débouché d’une cluse, Pontarlier est devenue un passage obligatoire depuis la Préhistoire et un lieu d'échanges depuis que les hommes s'y sont installés.
Pons Arlie au XI^e siècle, puis Pontalie au XIV^e siècle, la ville devient très tôt le passage obligé des échanges entre le nord et le sud de l'Europe (via le col de Jougne).
Par un déplacement vers l'est de l'axe de communication de la Méditerranée à la mer du Nord, sa route devient au XIII^e siècle, l'axe principal du commerce européen, faisant d'elle un véritable centre commercial qui assure son développement économique et celui du Haut-Doubs.

C'est au XV^e siècle que la ville s'entoure de remparts, dont il ne reste que peu de traces aujourd'hui. L'intérêt de ces remparts est essentiellement défensif, afin de se protéger des agressions extérieures devenues plus menaçantes. La Comté, désormais réunie à la Bourgogne, vit au rythme des conflits jusqu'en 1678, date de son annexion définitive.
De son passé médiéval demeurent toutefois l'église Saint-Bénigne, une partie des fortifications ainsi que le fort de Joux, situé plus en amont sur la commune de la Cluse-et-Mijoux, et dont le système défensif fut de nombreuses fois renforcé, notamment par Vauban et Joffre.

Au cours de son histoire, Pontarlier n'a pas échappé aux nombreux incendies, guerres, pillages, destructions, famines et épidémies qui ont profondément transformé l'aspect et la forme de la ville. Pontarlier a traversé beaucoup de périodes difficiles, dont elle s'est toujours relevée malgré l'acharnement du mauvais sort.
Pays à forte tradition catholique et très imprégné du milieu militaire, le Haut-Doubs a été très peu touché au XVIII^e siècle par les luttes révolutionnaires, mais reste encore marqué par cette influence religieuse et militaire.
La construction des casernes Marguet (1748-1764) et de la porte Saint-Pierre (1771) marque le passage à l'ère moderne, après l'annexion de 1678.