Il est détruit en 1639. Un nouvel hôpital est implanté au faubourg Saint-Étienne et achevé en 1700. Endommagé par l’incendie de 1736, il est reconstruit en 1740, agrandi à plusieurs reprises et rehaussé d’un étage en 1854. En 1892, un orphelinat lui est adjoint, ainsi qu’un asile pour vieillards.
 
Après plusieurs phases de restructuration et de modernisation successives, il est aujourd’hui le plus important établissement hospitalier du Haut-Doubs. Il a conservé de la structure primitive, l’ancienne apothicairerie (XVIIIe siècle), deux statues en bois polychromé doré de la chapelle du XVIIIe siècle (un Christ aux liens et une Vierge de pitié) ainsi que l’actuelle chapelle, curieuse construction du XIXe siècle à la mode byzantine (1897).
 
L’illustration proposée présente la statue du Christ aux liens de la chapelle du XVIIIe siècle. Au XVIIe siècle, le service hospitalier était assuré par des religieuses Ursulines auxquelles ont succédé dans le nouvel hôpital Saint-Joseph (1700) des religieuses de l’ordre des Filles de Notre-Dame des Sept Douleurs (congrégation hospitalière issue de Beaune). Depuis la fin de la Seconde Guerre Mondiale, le personnel civil les a peu à peu remplacées.

Illustration : Statue du Christ aux liens