Le reste de cet argent sert à édifier une caserne pour loger des troupes appelées en renfort pour lutter contre la contrebande à la frontière.

Érigés sur d’anciennes fortifications et achevés en 1764, ces deux corps de bâtiments surplombent le canal. La porte centrale qui commandait l’accès à la route de Morteau, présente sur la photographie, a été supprimée en 1922 pour répondre aux besoins de la circulation. Malgré la demande des autorités militaires qui en souhaitaient la clôture, ces bâtiments à la façade extérieure dépouillée s’organisent autour d’une place ouverte (baptisée du nom de Jules Pagnier, maire de Pontarlier de 1945 à 1947).
Depuis 1887, ces casernes portent le nom du général Jean-Joseph Marguet (1773- 1814) qui se distingua dans les armées de la République, du Consulat puis de l’Empire et fut élevé au titre de baron d’Empire. Les casernes pouvaient abriter plus de 200 hommes et autant de chevaux. Elles ne furent jamais réservées au seul casernement militaire et servirent aussi de halle au blé, d’hébergement pour les haras royaux de Besançon, de lieu de culte protestant et de logement pour deux brigades de douaniers. Acquises par la Ville en 1921, elles abritèrent des bains-douches, le marché couvert, la soupe populaire, une école ménagère, les archives municipales, la Croix-Rouge… Partiellement incendiée en 2006, l’aile gauche, restaurée et réaménagée, est aujourd’hui occupée par le conservatoire Élie Dupont. L’aile droite accueille la Mosquée Philippe-Grenier.

Illustration : Photographie des casernes